一般来说，可以把这类净水微生物分成三大类：
（1）土著微生物：就是当地自然水源水域中土生土长的微生物，即使是经过处理的自来水中也会残留不少这类的细菌，它们会自然而然地附生在我们鱼池的池壁和滤材上。代表品种如“活性污泥”和光合细菌等，它们主要分解含碳废物，但对含氮废物的去除率一般不会超过70%。
（2）外来微生物：由于这类细菌原先主要是生长在土壤里，所以相对水而言就是“外来”的微生物。它们同样可以生长在水中，主要包括氨化细菌、硝化细菌、亚硝化细菌、固氮菌和纤维分解菌等，一般为好氧细菌，对含氮污染物的的降解和去除效率功能强大，在水质的“氮循环”中充当重要的角色。同时，它们在处理含氮废物时也对含碳的污泥具有强有力的清除作用。它们是我们鱼池中对水质的净化和还原的主要生物力量。
（3)基因工程菌：运用现代生物基因工程技术构建出的具有高效广谱降解能力的“人造菌种”，是高效的净水微生物。甚至某些菌种即使在极端的条件下仍能发挥出它的作用。
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